2010~2015年期间，共发表论文1141篇，SCI和SSCI论文656篇，其中39篇发表于Nature和Science上（第1完成单位19篇）。研究所已经成为中国地球科学和生命科学在国际学术界享有盛誉的科研机构之一。

 截至2007年，研究所共获院、部级以上的奖项38项，一如下表所示：

（1963—2007）

其中

1．华南泥盆纪鱼化石研究 （此项目之一部分“云南东部早泥盆纪总鳍鱼类的研究”张弥曼等于1988年曾获中国科学院科技进步奖一等奖；“华南泥盆纪鱼化石研究”1993年张弥曼等获中国科学院自然科学奖一等奖；1995年张弥曼等获国家自然科学奖二等奖；2013年朱敏等因“硬骨鱼纲起源与早期演化研究”获国家自然科学奖二等奖）

　　泥盆纪是最早的脊椎动物—鱼类开始大量出现和繁殖的时期，并从中发展出了陆生脊椎动物，因此泥盆纪鱼化石的研究是了解脊椎动物起源、进化和陆生脊椎动物起源的关键，历来是古生物学研究的焦点之一。本课题组从六十年代开始对化石及有关地层进行了广泛深入的综合考察，经历三十多年的不懈努力，在泥盆纪鱼化石和地层研究方面取得了一系列国内外瞩目的成果，使中国在这个领域的研究由基本上空白跃居为世界前沿。研究表明，迄今所知泥盆纪鱼类中的主要门类在中国不仅都有发现，而且大量为新高阶单元，同时表明，在志留纪—泥盆纪的时期中国大陆自成一个生物区系，并是世界化石最丰富的地区之一，且极具特色。因此，中国早期脊椎动物的发现和研究使古生物学家出乎意料的震惊，如盔甲类的发现，作为东亚特有种类，是与化石无颌类中的骨甲类、异甲类并列的三个亚纲之一。出现这样新的高阶类元在古脊椎动物研究史中乃百年仅有。胴甲类和瓣甲类研究中，所建新属数量之多，超过国外一百多所建属的总和。并表明这两个类群均起源于中国。早期总鳍鱼类—杨氏鱼的研究否定了长期以来认为总鳍类具有内鼻孔的权威性结论，从而引起关于肉鳍鱼类系统关系和陆生脊椎动物祖先这一举世关注问题的热烈讨论和反思。

2．1999年侯连海等因“辽西中生代鸟类化石及鸟类的早期演化”获中国科学院自然科学奖一等奖；2001年侯连海等因“辽西中生代华夏鸟类群和孔子鸟类群及鸟类的早期演化”获国家自然科学奖二等奖

    本项目属古生物学研究域。鸟类起源和早期演化是古生物学乃至整个地质学和生物学界的重大理论问题之一。该项目在辽西中生代地层中发现并采集了数百件保存精美的早期鸟类化石，填补了距今一亿五千年万年至八千年之间鸟类演化的许多空白。通过对华夏鸟、朝阳鸟、波罗赤鸟、孔子鸟、辽宁鸟和始反鸟等早期鸟类的研究、建立了以华夏鸟和孔子鸟为代表的两大古鸟类群。他们的研究不仅使得鸟类的早期演化研究出现了突破性的进展，为研究早期鸟类的辐射和分异做出了重要贡献，而且还带动了整个辽西热河生物群的研究。辽西中生代鸟类化石的发现和研究成果，得到国内外学者的广泛引用，被称为“20世纪古生物界最重大的发现之一”，具有重要的科学价值，是古鸟类学史上一次革命性的突破，同时对研究辽西及相邻地区地层对比，以及我国陆相侏罗—白垩系的界线提供重要古生物依据。

3．热河脊椎动物群的研究（周忠和等2007年获国家自然科学奖二等奖）

　  本项目属于地质学和生物学的交叉科学。立足我国（特别是辽西地区）晚中生代（主要为早白垩世）陆相地层中保存精美的脊椎动物化石资源，对多个不同门类的脊椎动物类群及地层和环境进行了综合性研究。通过近10年的工作，在鸟类及其飞行和羽毛的起源，恐龙、翼龙、早期鸟类、哺乳类和两栖类的进化、地层学以及热河生物群的综合研究等方面取得了一系列举世瞩目的原创性成果。例如，对带毛恐龙等的研究为鸟类的恐龙起源学说提供了若干至为关键的证据；首次从化石证据上使鸟类飞行经历了四个翅膀阶段的古老假说恢复了生机；对早期鸟类和恐龙习性等的研究则有力地支持了一度式微的鸟类飞行的树栖起源学说；揭示了原始羽毛在兽脚类恐龙中的广泛分布这一先前不为人知的事实；对早期哺乳类的研究有力支持了哺乳类动物耳区单一起源的观点；对鸟类和翼龙胚胎的研究提供了这些生物早期发育模式演变的重要信息，填补了这方面的认知空白。这些成果不仅对脊椎动物许多类群的起源和系统演化具有重大意义，而且为解决进化生物学和地学领域一些长期争论不休的理论问题提供了重要的依据。

    这些研究改变了我们对许多重大生物学和古生物学理论问题的固有认识，为新的研究方向拓展了前景。它们不仅在国际学术界产生了较大的影响，而且还在国内外科学普及方面做出了突出的贡献。许多成果已经被国内外的权威教科书采用。有些成果曾入选美国《发现》杂志年度一百条科学新闻(2004年)，中国基础科学研究十大成果(1999年)，中国基础研究十大新闻 (2000年, 2001年, 2005年) 和中国十大科学进展(2003年)等。近10年中，项目7名主要完成人发表与课题有关的SCI刊物论文78篇，包括在《Nature》上发表的22篇和在《Science》上发表的3篇（其中20篇为第一兼通讯作者），有112篇论文被他人引用1142次。

4．陕西蓝田新生界及蓝田猿人、哺乳动物群的研究（本项目包括1965年“陕西蓝田的猿人头骨的发现”所获的中国科学院优秀奖、杨钟健等1978年“陕西蓝田新生界及蓝田猿人、哺乳动物群的研究”所获全国科学大会奖及中国科学院重大科技成果奖及1987年杨钟健等“陕西蓝田新生界”所获国家自然科学奖三等奖三项）：

　　陕西蓝田新生界研究是杨钟健教授倡议和指导下进行的。在贾兰坡教授组织下经历四年的野外考察，采用正规的高精度的地质测量方法，填制了我国第一幅地区新生代的地质图，发现了两处猿人遗址，发现了数以百计的化石和古文化地点，详细划分了地层，研究了古生物及生态，为新生代地层的对比建立了可靠的标尺，至今一直为生产、教学引用。具体成果包括以下五个方面：1、依靠古生物研究和详尽的地质观察，对陕西蓝田地区新生代地层进行划分，建立标准系列剖面，完成第一幅新生代地质图，阐明填制新生代地质图的原则和方法；2、对蓝田地区发现的大量的哺乳动物化石进行详细的分类、对比，建立不同时代的动物组合和生态复原；3、确立了我国北方在百万年前人类的祖先就在那里生息繁衍，它是我国北方至今发现的最早人类化石和时代远古的文化；4、蓝田地区第三纪哺乳动物群等论文系统该区从始新世至上新世的不同动物群，它已成为我国北方生物地层学研究的重要对比材料；5、蓝田地区新生界的整个工作和论文的发表形成一个完整的体系：地层、古生物、古人类、古文化的综合性研究，经过多年实践的检验，证明其工作具有较高的水平，一直被视为标准地区和标准剖面。（注：此三项申报材料偏重于新生代地质及古人类、哺乳动物化石和石器发现方面的成果。有关吴汝康研究的“蓝田猿人的头骨、下颌”，周明镇、刘东生等研究的哺乳动物化石及石器组研究三的石器最终研究成果尚未申报奖项。）

5．华南中、新生代红层及脊椎动物研究（1978年获全国科学大会奖；周明镇等1992年获中国科学院自然科学奖一等奖）：在华东、中南地区广泛分布的中生代、新生代陆相沉积，统称“红层”。自十九世纪中期就引起地质界的高度重视，但其时代和划分一直悬而未解。1955年杨钟健提出“两种堆积”之一就是华南“红层”。1962年杨钟健和周明镇在研究粤北红层的化石后指出：“我国南方红层的时代可能包括了中生代和第三纪初期两个时期的沉积”。此后在周明镇的领导和参与下开展了历时十年之久的大规模华南红层考察。其主要成果是：1）在广东南雄、安徽潜山、湖南茶陵及江西池江等地发现了数以百计的具有亚洲土著特色的古新世哺乳动物化石。这既填补了我国古生物、地层上的空白，也是在恐龙绝灭后，世界上除北美外发现极少的古新世哺乳动物群增添了新的内容，从而大大地改变了人们对早期哺乳动物的发展历史的认识，同时土著特色的化石说明在古新世时亚洲与其它大陆的哺乳动物虽有少的交流，基本上处于隔离状态。2）华南红层主要由白垩纪、古新世和始新世地层组成，建立了比较完整的陆相上白垩统、古新统和始新统剖面。

6. 中国远古人类(吴汝康等1991年获中国科学院自然科学奖一等奖)

 　 《中国远古人类》以专著形式对我国近七十年来有关古人类化石、旧石器文化、第四纪哺乳动物及人类生活环境等方面已有的资料进行了全面的介绍，并在此基础上给予综合分析和深刻总结。全书分为十四章，内容主要有五个部分：1、中国古人类历史的回顾；2、化石人类（包括人类的化石近貌）；3、旧石器时代文化；4、第四纪哺乳动物群和人类生活环境；5、中国古人类年代学。这部著作收集了中国古人类的丰富资料并将中国各个阶段化石人类的形态特征与世界其他地区同期人类进行了比较，使得中国人类的连续性及其与相邻地区之间的基因交流的研究具有更强的说服力。本著作还对旧石器时代文化的理论问题，如文化传统、工业类型、区域特色、文化交流以及经济形态等作了最新的阐述和深刻的探讨。在第四纪哺乳动物方面，从总结哺乳动物群的变化入手，结合第四纪地质中有关学科的最新成果，为中国远古人类及其文化的演变研究提供了一个完整的年代和环境框架。此外，本著作还将人类形态、古文化以及环境的研究有机地结合起来，使我们对中国远古人类进化的各个方面的相互关系有了更深刻的认识。

7.云南禄丰古猿化石地点综合研究(1986年获中国科学院自然科学奖一等奖)：

    从1975年开始发现的云南禄丰石灰坝晚中新世的古猿化石地点无疑出土了是我国最丰富的一批古猿化石，可能是继周口店直立人发现之后，我国古人类学研究所取得的最重要的一次发现。

8．步氏巨猿的形态学及演化趋势（1993年吴汝康、裴文中等获中国科学院自然科学奖二等奖）

    自1956年开始，在我国广西和湖北等地陆续发现巨猿化石，解决了长期存疑的巨猿化石产地和生存年代的问题。本项研究根据巨猿3具下颌骨和上千颗牙齿化石材料，详细记述和比较了巨猿的形态特征，识别出其与人类相似的形态特征及与猿类相似的形态特征；对猿科分类系统提出了新的看法，认为巨猿是属于“前人亚科”中的一员；对巨猿的体态、生活习性和牙病等作了探讨，提出巨猿虽有硕大而粗壮的头骨、巨大而强壮的躯干，但其肢骨只是稍比现代人长和粗壮，身高可能与现代人相似或稍大于现代人；统计了巨猿牙齿的患龋率，认为巨猿的食性虽是杂食性，但以富含碳水化合物的植物为主，而不是以肉食为主。根据巨猿的伴生动物化石，揭示了步氏巨猿可以从更新世早期延续到更新世中期，且很可能在更新世中期时绝灭了；随其生存年代从早到晚，巨猿的牙齿相对地缩小而犬齿后各齿尺寸增大，提示了巨猿的食性趋于单一化。从巨猿牙齿的釉质发育不全的情况及直立人与巨猿共生的可能性，提出步氏巨猿的绝灭原因主要是在于其食物来源有限。本项研究否定了“人类起源巨人说”，即巨猿不可能向人类的方向演化；推动和深化了人类起源理论的探讨；丰富了古脊椎动物学的研究内容，特别是华南第四纪动物群的划分和演变情况的研究；此外，也为溶岩地质研究提供了有关参考依据。

9．新疆北部脊椎动物化石及其地层（孙艾玲、刘宪亭等1994年获中国科学院自然科学奖二等奖）

    新疆近邻欧亚大陆，在研究脊椎动物发展史上占有重要的位置。自1963年起，我所在该地区组织了一系列野外考察，以期系统调查新疆准噶尔盆地和吐鲁番盆地内脊椎动物化石的分布情况。经过大小近二十余次的考察，我们采掘到了大批珍贵的化石，发现了相当数量的动物群，并先后建立了十八个含化石层位。在准噶尔盆地南缘、西北缘、东北缘还发现了恐龙化石，据此重新厘定了东沟组、艾力克组、红砾山组的时代，新建了红沙泉组。这些丰富化石的发现为北疆地层的划分提供了不可缺少的依据，证明了北疆的古地理、古环境的变迁。本项研究的科学意义在于它比较全面而清楚地勾划出新疆地区从古生代末期至新生代各个历史时期脊椎动物群的面貌、演变以及在整个脊椎动物发展史中的地位；在探讨其与其它大陆同时代动物群的亲疏关系的基础上导出了地层时代、古地理变迁等结论。同期北疆脊椎动物化石及其地层的研究在国际同类型的研究项目中处于领先地位。同时，由于对北疆地区有了充分的认识，对今后开发南疆将有借鉴和启发意义。（注：此项目仅为野外考察之成果，所采之脊椎动物化石研究结果尚未报奖）

其他获奖的项目如吴新智主编的“解读生命丛书”之《人类进化足迹》获2005年国家科技进步二等奖。

    中国科学院自然科学一等奖项目：李传夔、丁素因（1995）啮齿类与兔形类的起源、周明镇等（1996）内蒙古高原第三纪地层和哺乳类的研究；二等奖：邱占祥等（1990）中国的三趾马化石、童永生等（2001）中国始新世哺乳动物和地层的研究；三等奖：丁素因（1989）广东南雄古新世贫齿目化石、徐钦琦、刘时藩（1992）史前气候学、叶祥奎（1995）中国化石和现生龟鳖类、董枝明（1998）中国恐龙动物群、董枝明（1998）中国加拿大恐龙考察计划。

    中国科学院科技进步奖二等奖：李传夔、丁素因（1984）中国早第三纪哺乳动物、裴文中、张森水（1986）中国猿人石器、王俊卿等（1995）塔里木盆地含油气地层的研究：三等奖：李炎贤（1988）观音洞-贵州黔西旧石器时代初期文化遗址、邱占祥（1988）中国路西尼和维拉方期的鬣狗化石。

    中国科学院杰出成就奖：热河生物群团体（2003）、徐星（2014）

    北京市科技成果奖一等奖：张振标等（1982）中国成人头型系列标准等项。

    研究所尽管有如上众多项目获奖，但它并不能涵盖古脊椎所研究领域内的所有重大成果，如上述，象华北二－三叠纪的水龙兽－肯氏兽动物群的研究、蓝田猿人及哺乳动物群的研究、近三十年新近纪哺乳动物群及其地层学的研究、中国恐龙蛋分类学及古组织学的研究、国家“九五”攀登专项“早期人类起源及环境背景的研究、河北泥河湾、安徽繁昌考古遗址的发掘和研究、贵州三叠纪海生爬行动物的研究、以及2005年曾推荐申报过中科院杰出科技成就奖的“硬骨鱼类起源与早期演化和四足动物起源”等成果的科学意义绝不在已有的受奖项目之下。例如，从1998年起，以朱敏为首的早期脊椎动物研究集体重点开展对“硬骨鱼类起源与早期演化”和“四足动物起源”两个研究方向的探索，在化石发现上取得新的突破，对斑鳞鱼、无孔鱼、蝶柱鱼等早期硬骨鱼的研究，为解开硬骨鱼类起源之谜提供了重要线索，进一步揭示了中国南方是肉鳍鱼类的起源中心。对肯氏鱼的深入研究，确立了四足动物内鼻孔和鱼类后外鼻孔之间的同源关系。所发现的中国螈代表了鱼石螈类化石在亚洲的首次发现，将促使研究者重新审视四足动物起源、早期演化与扩散的已有假说。即使获奖项目的评定也同样受当时条件、环境的制约所评等级也会参差难平。近年来，研究所继续在早期脊椎动物的演化，中新生代脊椎动物的研究，第四纪哺乳动物和古人类学等方面取得了若干新的突破，许多成果持续不断地发表在《Nature》、《PNAS》等国际顶尖的刊物上。例如，田园洞人化石的发现和研究表明，田园洞人类化石存在从其西方和南方来的基因流；田园洞人骨骼提供的许多生物学方面的信息，对于重建东亚地区古老型人类向现代人的转化过程具有意义。新疆中侏罗世发现的帝龙代表了霸王龙类最原始的代表；二连巨盗龙的发现和研究丰富了对于恐龙向鸟类演化过程的理解。迄今所知最早的大熊猫祖先－大熊猫小种的发现，填补了大熊猫进化谱系上的空白，同时也丰富了我们对大熊猫的生态和生活习性等方面的理解。发现于柴达木盆地上新世湖相沉积物中具有超常粗大骨骼的鱼类化石伍氏献文鱼，不仅展示了鱼类对极端环境的生理适应能力，也成为了柴达木盆地干旱过程的见证，并提供了伴随青藏高原的隆升而引发的环境变化和生物适应间的令人信服的案例。