南京古生物所于1984年发现了澄江动物化石群，进行了长达17年、多达3万余块化石的大规模采集和综合研究，取得了一系列举世瞩目的成果，第一次生动再现了5.3亿年前海洋动物世界的面貌，为揭示“寒武纪大爆发”奥秘提供了科学依据。该成果被誉为“20世纪最惊人的科学发现之一”，获2003年度国家自然科学奖一等奖。

　　“金钉子”是全球年代地层划分对比的国际标准。截至2018年7月，在全球确定的60多个“金钉子”中，我国有11个，居全球之首，其中7个（长兴阶、排碧阶、吴家坪阶、赫南特阶、古丈阶、江山阶、乌溜阶）由南京古生物所完成。

　　古脊椎所基于多年持续的大规模野外调查和发掘，开展辽西热河脊椎动物群研究，取得了一系列重大发现和原创成果，丰富了人类对早白垩世陆地生态系统的认识，在脊椎动物许多类群的起源和系统演化研究方面具有重大意义。获2003年度中国科学院杰出科技成就奖，入选《时代》2007年度世界十大科技发现、《科学》2014年度十大科学突破。

　　古脊椎所通过对8万12万年前东亚地区最早的现代人化石的发现和研究，否认了现代人“非洲起源说”的部分观点，提出了现代人在东亚出现与扩散的新假说，为研究东亚人类演化规律提供了重要化石证据，将中国古人类演化研究推进到国际前沿水平。相关成果入选《自然》2014年度十大科学事件。

热河生物群生态复原图

发现东亚最早的现代人化石